（一）在计算《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中的“103资产总额”平均值时，必须确保所使用的资产总额期初、期末值与财务报表中“资产总额”的期初、期末值保持一致。
（二）如果《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中的“104从业人数”与季度预缴申报表中填报的全年从业人数平均值存在不一致，并且这种不一致导致了小型微利企业标志的改变，那么纳税人应首先更正第四季度的预缴申报表。
（三）对于选择“是”的纳税人，在填报《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中的“108采用一般企业财务报表格式（2019年版）”时，应根据《利润表》对应项目填列“营业利润”，且不需遵循“营业利润”行次的计算规则。
（四）若纳税人发生政策性搬迁事项，则从搬迁年度的次年起至搬迁完成年度的前一年度止，这些年份可作为停止生产经营活动的年度，并从法定的亏损结转弥补年限中予以扣除。在《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中，“216发生政策性搬迁且停止生产经营无所得年度”应填写为“是”。
（五）一般而言，企业所得税年度纳税申报表主表（A100000）的第1行“营业收入”与第11行“营业外收入”的合计数，应当大于当年度增值税申报年度累计的销售收入。
（六）通常情况下，房地产开发企业年度纳税申报表主表（A100000）的第1行“营业收入”应大于或等于《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）第27行“销售未完工产品转完工产品确认的销售收入”的金额。
（七）在大多数情况下，《职工薪酬支出及纳税调整明细表》第1行第1列“工资薪金支出-账载金额”不应为0。
（八）若《期间费用明细表》（A104000）第19行“研究费用”大于0，则《免税、减计收入及加计扣除优惠明细表》（A107010）的相关行次（第26行、第27行或第28行）也应大于0，具体取决于纳税人享受的研发费用加计扣除政策类型。
（九）当合伙人为法人或其他组织时，应将合伙企业当年度分配的所得和企业当年留存的所得（利润）填入《纳税调整明细表》第41行“（五）合伙企业法人合伙人应分得的应纳税所得额”。
（十）无论纳税人是否发生纳税调整，只要涉及资产折旧、摊销等事项，都必须填报《资产折旧、摊销及纳税调整明细表》（A105080）。
（十一）所有纳税人都有义务填报《弥补亏损明细表》（A106000）。该表中的以前年度亏损数将由系统自动生成，若纳税人对第8列“当年待弥补亏损额”存在疑问，请向主管税务机关咨询。
（十二）享受税收优惠政策的纳税人应自行判断是否符合优惠条件，并按照“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的方式办理。若符合税收优惠条件，纳税人应通过填报A1070**系列表来申报享受相应的税收优惠。
（十三）不论是否享受优惠政策，只要高新技术企业资格在有效期内，纳税人都需要填报《高新技术企业优惠情况及明细表》（A107041）和《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107012）。