在税务管理实践中，尽管存在合同与资金流转记录，但在特定情况下仍可能被税务机关认定为“虚开”增值税发票。根据现行税法规定，“虚开”特指在缺乏真实交易背景的情形下开具增值税专用发票的行为。因此，合同及汇款记录仅作为业务真实性的一项辅助证明材料，而是否存在实际商品或服务交易才是判断是否构成“虚开”的核心依据。
 
具体而言，若A公司向B公司开具销售甲产品的增值税专用发票，并且双方签订了相应的购销合同，同时B公司也确实向A公司支付了款项，则初步满足了合同流和资金流的要求。然而，要确保该笔交易不被视为“虚开”，还需进一步验证以下几点：
 
假设1： 若A公司未能提供甲产品的采购记录，即无法证明其拥有该产品的合法来源（货物流），则此次交易将面临被认定为“虚开”的风险。除非B公司能提供充分证据，例如提货单、运输凭证、入库确认单以及实物照片等，以证实确实从A公司购入并接收了甲产品。否则，即便持有发票与付款记录，B公司所取得的发票也可能不被认可为有效。如B公司能够证明交易的真实性及其货物交付情况，则应由A公司承担因进货渠道问题导致的法律责任。
 
假设2： 当A公司具备甲产品的库存记录及货物交割证明时，通常不会被判定为“虚开”。对于增值税专用发票的真实性和合法性认定，需严格遵循“四流合一”的原则，即发票流、资金流、合同流和货物流必须相互吻合、一致。因此，即使存在合同和资金流转，若缺少其他三个要素的支持，仍然有可能被视为“虚开”。
 
综上所述，企业在进行商业活动时，务必确保所有交易环节均符合法律法规要求，避免任何形式的违规操作，维护自身的合法权益不受损害。建议企业在日常经营中建立健全内部控制制度，确保交易过程透明、规范，从而有效防范潜在的税务风险。